生物工程技术中心成立于2003年，是我校唯一的专职从事生物技术研究的科研部门，也是重要的实验教学基地，长期以来，生物工程技术中心紧密围绕农林业中急需解决的技术问题，充分利用各种先进生物技术手段，联合相关农业企业，开展产、学、研一体化研究，并进行科技成果转化和推广，取得了丰硕的科研成果。
本中心现有专职科研人员9人，其中高级职称6人，中级职称3人，研究领域涉及药用植物、循环农业、观赏植物、植物保护等，是一支多学科交叉的研究队伍，专业知识结构合理，形成了以中青年学术骨干为中坚力量的科研梯队，在相关领域科研工作中能发挥重要作用。
中心主要从事药用植物、观赏植物资源的收集、开发、利用及农业废弃物循环利用、植物保护的相关研究和教学工作，拥有各类实验室总面积1600多平米，科研、生产、实训基地50余亩，下设林下经济研究中心和植物保护实训中心，分别承担林下经济植物的收集、开发、利用相关研究和植物保护相关课程的实训、实践教学相关任务，近年来，生物工程技术中心先后承担江苏省自然科学基金、江苏省高校自然科学基金、江苏省现代农业、江苏省农业、林业三新等省级项目10余项，发表各类科技论文60余篇，获授权发明专利40余件，获江苏省农业丰收奖，中国林业产业创新奖等省级以上奖项10项。
生物工程技术中心非常重视与国内外大学、科研机构的开展学术交流，与江苏省农业科学院、南京农业大学、南京林业大学、江苏师范大学等高校及科研院所建立良好的合作关系。